NWIPB OpenIR
山地虎耳草和棒腺虎耳草转录组SSR和SNP分析
李彦; 焦秀洁; 更吉卓玛; 贾留坤; 王智华; 陈世龙; 高庆波
2018
Source Publication西北植物学报
Volume38Issue:07Pages:1244-1253
Abstract利用Illumina HiSeqTM2000对山地虎耳草和棒腺虎耳草进行转录组测序,分析和比较其SSR和SNP特征。结果表明:山地虎耳草63 763条Unigene序列中含有4 622个SSR,发生频率为7.25%,有110种重复基元,平均每10.00kb出现一个SSR位点;棒腺虎耳草60 972条Unigene序列中含有4 542个SSR,发生频率为7.45%,有85种重复基元,平均每10.40kb出现一个SSR位点,略低于山地虎耳草。山地虎耳草和棒腺虎耳草转录组序列的SSR优势基元均为三核苷酸重复。2个物种的转录组SSR以5~10次的较低重复次数为主,长度主要集中于12~30bp,具有较高的多态性。山地虎耳草和棒腺虎耳草中分别获得118 424个和112 006个SNP位点,编码区的SNP位点分别占30.40%和28.59%,且在编码SNP中同义突变所占比例(30.27%、28.48%)远高于非同义突变(0.13%、0.11%)。比较发现,2个物种的各项检索结果基本一致,推测与选取的组织部位、组织的发育阶段以及物种的亲缘关系有关。
Keyword山地虎耳草 棒腺虎耳草 转录组 简单重复序列(SSR) 单核苷酸多态性(SNP)
Funding Organization中国科学院“西部之光”人才培养引进计划 ; 中国科学院青年创新促进会项目(2016378)
Document Type期刊论文
Identifierhttp://210.75.249.4/handle/363003/13697
Collection中国科学院西北高原生物研究所
Affiliation1.中国科学院西北高原生物研究所高山植物适应与进化重点实验室
2.中国科学院大学
3.中国科学院西北高原生物研究所信息与学报编辑部
4.中国科学院西北高原生物研究所青海省作物分子育种重点实验室
Recommended Citation
GB/T 7714
李彦,焦秀洁,更吉卓玛,等. 山地虎耳草和棒腺虎耳草转录组SSR和SNP分析[J]. 西北植物学报,2018,38(07):1244-1253.
APA 李彦.,焦秀洁.,更吉卓玛.,贾留坤.,王智华.,...&高庆波.(2018).山地虎耳草和棒腺虎耳草转录组SSR和SNP分析.西北植物学报,38(07),1244-1253.
MLA 李彦,et al."山地虎耳草和棒腺虎耳草转录组SSR和SNP分析".西北植物学报 38.07(2018):1244-1253.
Files in This Item: Download All
File Name/Size DocType Version Access License
山地虎耳草和棒腺虎耳草转录组SSR和SN(1479KB)期刊论文出版稿开放获取CC BY-NC-SAView Download
Related Services
Recommend this item
Bookmark
Usage statistics
Export to Endnote
Google Scholar
Similar articles in Google Scholar
[李彦]'s Articles
[焦秀洁]'s Articles
[更吉卓玛]'s Articles
Baidu academic
Similar articles in Baidu academic
[李彦]'s Articles
[焦秀洁]'s Articles
[更吉卓玛]'s Articles
Bing Scholar
Similar articles in Bing Scholar
[李彦]'s Articles
[焦秀洁]'s Articles
[更吉卓玛]'s Articles
Terms of Use
No data!
Social Bookmark/Share
File name: 山地虎耳草和棒腺虎耳草转录组SSR和SNP分析.pdf
Format: Adobe PDF
All comments (0)
No comment.
 

Items in the repository are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.