NWIPB OpenIR
山地虎耳草和棒腺虎耳草转录组SSR和SNP分析
李彦 ; 焦秀洁 ; 更吉卓玛 ; 贾留坤 ; 王智华 ; 陈世龙 ; 高庆波
2018
Source Publication西北植物学报
Abstract利用Illumina HiSeqTM2000对山地虎耳草和棒腺虎耳草进行转录组测序,分析和比较其SSR和SNP特征。结果表明:山地虎耳草63 763条Unigene序列中含有4 622个SSR,发生频率为7.25%,有110种重复基元,平均每10.00kb出现一个SSR位点;棒腺虎耳草60 972条Unigene序列中含有4 542个SSR,发生频率为7.45%,有85种重复基元,平均每10.40kb出现一个SSR位点,略低于山地虎耳草。山地虎耳草和棒腺虎耳草转录组序列的SSR优势基元均为三核苷酸重复。2个物种的转录组SSR以5~10次的较低重复次数为主,长度主要集中于12~30bp,具有较高的多态性。山地虎耳草和棒腺虎耳草中分别获得118 424个和112 006个SNP位点,编码区的SNP位点分别占30.40%和28.59%,且在编码SNP中同义突变所占比例(30.27%、28.48%)远高于非同义突变(0.13%、0.11%)。比较发现,2个物种的各项检索结果基本一致,推测与选取的组织部位、组织的发育阶段以及物种的亲缘关系有关。
Document Type期刊论文
Identifierhttp://210.75.249.4/handle/363003/34126
Collection中国科学院西北高原生物研究所
Recommended Citation
GB/T 7714
李彦,焦秀洁,更吉卓玛,等. 山地虎耳草和棒腺虎耳草转录组SSR和SNP分析[J]. 西北植物学报,2018.
APA 李彦.,焦秀洁.,更吉卓玛.,贾留坤.,王智华.,...&高庆波.(2018).山地虎耳草和棒腺虎耳草转录组SSR和SNP分析.西北植物学报.
MLA 李彦,et al."山地虎耳草和棒腺虎耳草转录组SSR和SNP分析".西北植物学报 (2018).
Files in This Item:
There are no files associated with this item.
Related Services
Recommend this item
Bookmark
Usage statistics
Export to Endnote
Google Scholar
Similar articles in Google Scholar
[李彦]'s Articles
[焦秀洁]'s Articles
[更吉卓玛]'s Articles
Baidu academic
Similar articles in Baidu academic
[李彦]'s Articles
[焦秀洁]'s Articles
[更吉卓玛]'s Articles
Bing Scholar
Similar articles in Bing Scholar
[李彦]'s Articles
[焦秀洁]'s Articles
[更吉卓玛]'s Articles
Terms of Use
No data!
Social Bookmark/Share
All comments (0)
No comment.
 

Items in the repository are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.