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椭圆叶花锚简化基因组的SSR信息分析及SSR引物开发
王久利 ; 陈世龙 ; 邢睿 ; 宋相杰 ; 朱明星 ; 张发起
2018
Source Publication植物研究
Abstract基于RAD-seq简化基因组测序技术获得椭圆叶花锚(Halenia ellipitica D.Don)简化基因组水平上的序列信息并开发SSR分子标记。利用SR search软件检测而得到双端各有至少100 bp的五种类型的SSR(二、三、四、五、六核苷酸)位点共6 201个,并成功设计其中3 865个SSR引物。在能成功设计引物的SSR位点中,三核苷酸SSR位点最多;重复序列长度包括17种(12~36 bp);重复序列的基序共达316种,其中五核苷酸基序种类最多(91种)。从中挑选65对可对应五种SSR类型的引物,经梯度PCR检验后,利用椭圆叶花锚的4个居群32个个对可扩增的引物进行PCR和聚丙烯酰氨凝胶电泳检测,其中14对引物能在绝大多数个体中扩增,且13对具多态性。13个多态性位点的等位基因数量均值为5.462,多态性较高且不连锁(P<0.05);其中10个位点在多数居群中偏离哈迪温伯格平衡(P<0.01)且存在较高的纯合子数量(观测杂合度Ho均值0.226);近交系数在-0.443~1,均值为0.656;基因流N_m为0.474。
Document Type期刊论文
Identifierhttp://210.75.249.4/handle/363003/39258
Collection中国科学院西北高原生物研究所
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GB/T 7714
王久利,陈世龙,邢睿,等. 椭圆叶花锚简化基因组的SSR信息分析及SSR引物开发[J]. 植物研究,2018.
APA 王久利,陈世龙,邢睿,宋相杰,朱明星,&张发起.(2018).椭圆叶花锚简化基因组的SSR信息分析及SSR引物开发.植物研究.
MLA 王久利,et al."椭圆叶花锚简化基因组的SSR信息分析及SSR引物开发".植物研究 (2018).
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