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基于454测序技术的青藏高原黄绿蜜环菌微卫星引物的开发
邢睿; 高庆波; 张发起; 李印虎; 付鹏程; 张金华; 王久利; 陈世龙
2014
Source Publication微生物学报
ISSN0001-6209
Issue9Pages:1045-1052
Abstract【目的】本研究利用454焦磷酸测序技术,对青藏高原黄绿蜜环菌(Armillaria luteo-virens)转录组进行测序,从获得的Expressed sequence tags(EST)序列中开发EST-SSR引物。【方法】利用高通量测序获得的EST序列设计微卫星引物,通过PCR扩增、琼脂糖凝胶电泳和毛细管电泳检测筛选出合格的微卫星引物。【结果】共得到了1997121条reads,总数据量超过80Mb,序列平均长度为449bp。对于所获得的reads进行拼接后得到了22236条非冗余的EST序列,其中含有2024条contigs(平均读长974bp)和20212条singletons(平均读长404bp)。在所有序列中共找到321条符合条件的含有SSR的序列,从中随机选择98对,成功开发出27对具有多态性条带的微卫星引物。利用采集自3个不同居群的66个个体对上述27对引物进行验证,有17对引物符合Hardy-Weinberg平衡且没有连锁不平衡现象。【结论】首次成功利用高通量测序技术开发的EST-SSR引物将会对今后黄绿蜜环菌遗传多样性的研究以及种质资源鉴定、遗传图谱构建等打下了坚实基础。
Keyword454焦磷酸测序 黄绿蜜环菌 微卫星 遗传多样性 青藏高原
Document Type期刊论文
Identifierhttp://210.75.249.4/handle/363003/4090
Collection中国科学院西北高原生物研究所
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GB/T 7714
邢睿,高庆波,张发起,等. 基于454测序技术的青藏高原黄绿蜜环菌微卫星引物的开发[J]. 微生物学报,2014(9):1045-1052.
APA 邢睿.,高庆波.,张发起.,李印虎.,付鹏程.,...&陈世龙.(2014).基于454测序技术的青藏高原黄绿蜜环菌微卫星引物的开发.微生物学报(9),1045-1052.
MLA 邢睿,et al."基于454测序技术的青藏高原黄绿蜜环菌微卫星引物的开发".微生物学报 .9(2014):1045-1052.
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