赖草属（Leymus Hochst.）和新麦草属（Psathyrostachys Nevski）植物重复序列的克隆与鉴定

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	赖草属（Leymus Hochst.）和新麦草属（Psathyrostachys Nevski）植物重复序列的克隆与鉴定
	李媛
学位类型	硕士
导师	窦全文
	2015
学位授予单位	中国科学院研究生院
学位授予地点	北京
其他摘要	本研究通过对 2个赖草属物种赖草（L. secalinus）、大赖草（L. racemosus （PI 272134））和 2个新麦草属物种新麦草（Psa. juncea）和华山新麦草（Psa. huashanica）Cot-1DNA 文库所获得重复序列进行测序，分别获得了 105、88、 101 和 115 个重复序列。对这些重复序列进行分析结果表明，赖草中的重复序列类型有六类：反转录转座子类型、转座子类型、串联重复序列类型、 LZ-NBS-LRR 类型、uncharacterized sequences 类型和 LTR+Afa-family类型；新麦草和大赖草（L. racemosus（PI 272134））中的重复序列类型也有六类，与赖草中类型不同的是，他们没有 LTR+Afa-family 类型却分别有 LTR+LTR/Copia 类型和 LTR/Gypsy+pLrPstI-4 类型的序列；华山新麦草中有四类：串联重复序列 Lt1-6类型、 LTR/Gypsy类型、 uncharacterized sequences 类型和 LZ-NBS-LRR 类型。赖草和新麦草中最丰富的重复序列为反转录转座子，其次是串联重复序列类型中的TaiI-family，而大赖草（L. racemosus（PI 272134））和华山新麦草中最丰富的重复序列均为串联重复序列，分别是 pLrPstI-4/3 和 Lt1-6 类型的序列。将赖草和新麦草中每种类型的重复序列对 4个赖草属和2 个新麦草属的物种进行荧光原位杂交结果表明: （1）有些序列在不同的属之间或同一种的不同品种之间分布差异很大。赖草中的串联重复序列 pLs-104 在大赖草中信号分布差异很大，赖草中串联重复序列探针pLs-10， LTR/Copia类型的探针pLs-15、 pLs-19， LTR类型探针pLs-66、 pLs-27、 pLs-65和新麦草中 LTR/Gypsy类型的探针 pPj-44在赖草属植物与新麦草之间信号分布差异很大。它们在基因组重复序列中的含量都不高，除了 pLs-104 占赖草重复序列的 1.9%外，其余的只占 1.0%。该结果表明赖草和新麦草中进化速率很快的序列主要为LTR/Copia和LTR类型的序列且是含量很少的那些序列，而 LTR/Gypsy类型的序列则比较保守且在赖草和新麦草重复序列中的比例都很高。（2）探针pLs-1在赖草中有18条染色体上有信号，有10条染色体无信号，探针pLs-20在赖草（L. secalinuss）中有 14条染色体信号较弱。该结果表明赖草的基因组的供体很有可能来源不同。来自赖草和新麦草的探针 pLs-38、 pLs-40、 pLs-10、pLs-104 和 pPj-2，大赖草（L. racemosus（PI 272134））的探针 pLr-19，华山新麦草的探针 pPh-122 在新麦草和赖草中一半的染色体的信号分布基本一致，该结果支持新麦草为赖草属植物 Ns 基因组祖先的一个供体。pPj-2 和 pPh-122 的双色荧光原位杂交在赖草染色体上的信号分布表明，新麦草和华山新麦草都与赖草的 Ns 基因组亲缘关系很近。（3）赖草中串联重复序列探针 pLs-10 和 pLs-104、LTR/Copia 类型探针 pLs-1、 LTR/Gypsy类型探针pLs-35因信号分布在大赖草(PI 531812)和大赖草(PI 531811)上基本一致与大赖草（PI 272134）有所不同，表明大赖草(PI 531812) 和大赖草(PI 531811)的亲缘关系更近。下列探针中，赖草中 LTR/Copia 类型探针pLs-30和pLs-19、 LTR/Gypsy类型探针pLs-32和pLs-23、 LTR类型探针pLs-60 和pLs-66；新麦草中 LTR/Gypsy 类型探针 pPj-77、pPj-44和pPj-55，LTR 类型探针pPj-28；大赖草（PI 272134）中 LrPstI-4类型探针pLr-19；华山新麦草（Psa. huashanica）中 Lt1-6 类型探针 pPh-122 在 L. racemosus(PI 531812)和 L. racemosus(PI 531811)的染色体上的信号分布高度一致，进一步支持了大赖草(PI 531812)和大赖草(PI 531811)的亲缘关系更近。（4）本研究分离到了两个新的染色体标记，他们是分别来自来自赖草(L. secalinus)的重复序列 pLs-39 和大赖草 L. racemosus (PI 272134)的重复序列 pLr-32。
学科领域	植物学
文献类型	学位论文
条目标识符	http://210.75.249.4/handle/363003/5240
专题	中国科学院西北高原生物研究所
作者单位	中国科学院西北高原生物研究所
推荐引用方式 GB/T 7714	李媛. 赖草属（Leymus Hochst.）和新麦草属（Psathyrostachys Nevski）植物重复序列的克隆与鉴定[D]. 北京. 中国科学院研究生院,2015.

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