Knowledge Management System of Northwest Institute of Plateau Biology, CAS
| 药用资源植物山莨菪的转录组信息分析 | |
| 张雨; 夏铭泽; 张发起 | |
| 2020 | |
| 发表期刊 | 植物研究
 |
| 卷号 | 40期号:3页码:458-467 |
| 摘要 | 为了增强对资源植物山莨菪的深入了解,本研究采用高通量测序技术对山莨菪进行转录组测序分析,经过处理得到71 463个Unigenes。通过与多个数据库进行比对,对基因进行分类和分析注释,最终成功获得注释的基因有47 624条。将Unigenes比对到KOG蛋白质库中,有13 110个基因被注释,共有26个子类;比对到NR库中后有39 621个Unigenes被注释;转录本与Swissprot、Tr EMBL的比对结果得到GO功能注释信息,注释得到的29 309个Unigenes可被分为分子功能、生物学过程和细胞组分3个大类,62个子类;以KEGG数据库为参考,3 679条基因被注释,参与的代谢通路可归为4个大类,分别是代谢相关的通路、遗传信息处理、细胞过程、环境信息处理,其中与代谢相关的通路最多,约占所有代谢通路的一半。对山莨菪的药用活性成分的代谢通路及相关Unigenes数量和类型的统计结果表明,与生物碱相关的代谢通路最多,萜类和苯丙素类所对应的Unigenes数量最多。另外,结果还检测到31 382个SNP位点,6种SSR重复类型,其中单碱基重复类型所占的比例最高,每百万碱基中出现的单碱基重复的SSR个数有56. 52个,占45. 30%。该结果丰富了山莨菪的转录组信息数据,为该物种分子生物学方面的研究奠定了基础,有助于进一步开展对山莨菪的合理保护及开发利用工作。 |
| 关键词 | 山莨菪 转录组 高通量测序 基因注释 |
| 文献类型 | 期刊论文 |
| 条目标识符 | http://210.75.249.4/handle/363003/60575 |
| 专题 | 中国科学院西北高原生物研究所 |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 张雨,夏铭泽,张发起. 药用资源植物山莨菪的转录组信息分析[J]. 植物研究,2020,40(3):458-467. |
| APA | 张雨,夏铭泽,&张发起.(2020).药用资源植物山莨菪的转录组信息分析.植物研究,40(3),458-467. |
| MLA | 张雨,et al."药用资源植物山莨菪的转录组信息分析".植物研究 40.3(2020):458-467. |
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