NWIPB OpenIR
药用资源植物山莨菪的转录组信息分析
张雨; 夏铭泽; 张发起
2020
Source Publication植物研究
Volume40Issue:3Pages:458-467
Abstract为了增强对资源植物山莨菪的深入了解,本研究采用高通量测序技术对山莨菪进行转录组测序分析,经过处理得到71 463个Unigenes。通过与多个数据库进行比对,对基因进行分类和分析注释,最终成功获得注释的基因有47 624条。将Unigenes比对到KOG蛋白质库中,有13 110个基因被注释,共有26个子类;比对到NR库中后有39 621个Unigenes被注释;转录本与Swissprot、Tr EMBL的比对结果得到GO功能注释信息,注释得到的29 309个Unigenes可被分为分子功能、生物学过程和细胞组分3个大类,62个子类;以KEGG数据库为参考,3 679条基因被注释,参与的代谢通路可归为4个大类,分别是代谢相关的通路、遗传信息处理、细胞过程、环境信息处理,其中与代谢相关的通路最多,约占所有代谢通路的一半。对山莨菪的药用活性成分的代谢通路及相关Unigenes数量和类型的统计结果表明,与生物碱相关的代谢通路最多,萜类和苯丙素类所对应的Unigenes数量最多。另外,结果还检测到31 382个SNP位点,6种SSR重复类型,其中单碱基重复类型所占的比例最高,每百万碱基中出现的单碱基重复的SSR个数有56. 52个,占45. 30%。该结果丰富了山莨菪的转录组信息数据,为该物种分子生物学方面的研究奠定了基础,有助于进一步开展对山莨菪的合理保护及开发利用工作。
Keyword山莨菪 转录组 高通量测序 基因注释
Document Type期刊论文
Identifierhttp://210.75.249.4/handle/363003/60575
Collection中国科学院西北高原生物研究所
Recommended Citation
GB/T 7714
张雨,夏铭泽,张发起. 药用资源植物山莨菪的转录组信息分析[J]. 植物研究,2020,40(3):458-467.
APA 张雨,夏铭泽,&张发起.(2020).药用资源植物山莨菪的转录组信息分析.植物研究,40(3),458-467.
MLA 张雨,et al."药用资源植物山莨菪的转录组信息分析".植物研究 40.3(2020):458-467.
Files in This Item:
There are no files associated with this item.
Related Services
Recommend this item
Bookmark
Usage statistics
Export to Endnote
Google Scholar
Similar articles in Google Scholar
[张雨]'s Articles
[夏铭泽]'s Articles
[张发起]'s Articles
Baidu academic
Similar articles in Baidu academic
[张雨]'s Articles
[夏铭泽]'s Articles
[张发起]'s Articles
Bing Scholar
Similar articles in Bing Scholar
[张雨]'s Articles
[夏铭泽]'s Articles
[张发起]'s Articles
Terms of Use
No data!
Social Bookmark/Share
All comments (0)
No comment.
 

Items in the repository are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.