利用RNA-seq筛选调控当归抽薹主要候选基因

NWIPB OpenIR

	利用RNA-seq筛选调控当归抽薹主要候选基因
	郭李智; 宗渊; 席杏媛; 李建民; 刘宝龙
	2020
发表期刊	分子植物育种
页码	19
摘要	当归为伞形科当归属多年生草本药用植物，提前抽薹严重影响当归产量，而当归抽薹分子遗传机理尚不清楚。本研究利用RNA-seq技术对连续五代抽薹当归的叶片、茎段、种子、根进行测序，对所有组装后的Unigenes进行功能注释，寻找调控当归抽薹主要候选基因。结果表明：在当归的叶片、根、种子、茎段转录本中分别得到7.1 GB、7.63 GB、7.23 GB、6.59 GB数据，通过Nr、Nt、Swissprot、KEGG、KOG、Interpro、GO、Intersection、Overall等蛋白数据库进行蛋白质预测，分别预测了71 024、59 931、49 694、51 832、55 320、46 908、35 598、17 133、79 161个蛋白。所有转录本中80.13%预测蛋白与胡萝卜同源。在KEGG通路中共有2 666个差异表达的基因参与植物信号传导；与拟南芥、胡萝卜、芥菜中参与调控开花相关基因比对，共筛选出56条候选基因，将56条候选基因在NCBI中进行核酸比对，得到与直接控制抽薹AP1转录因子同源的Unigene45683＿All、激活AP1转录因子的整合子FT和FD同源的Unigene11264＿All、参与拟南芥光周期调控基因CO (CONSTANS)的同源基因Unigene4344＿All、在芥菜中促进抽薹整合因子 SOC1 的表达的AGL24或直接作用于抽薹决定基因LFY的同源基因Unigene46836＿All、Unigene7820＿All、CL10006.Contig2＿All。因此，上述候选基因很有可能参与调控当归抽薹相关分子机制。本研究筛选到与当归抽薹相关的候选基因，有助于了解当归抽薹相关分子机制，为挖掘控制当归抽薹相关基因提供理论依据。
关键词	当归(Angelica sinensis) 抽薹 RNA-Seq 同源基因
文献类型	期刊论文
条目标识符	http://210.75.249.4/handle/363003/60602
专题	中国科学院西北高原生物研究所
推荐引用方式 GB/T 7714	郭李智,宗渊,席杏媛,等. 利用RNA-seq筛选调控当归抽薹主要候选基因[J]. 分子植物育种,2020:19.
APA	郭李智,宗渊,席杏媛,李建民,&刘宝龙.(2020).利用RNA-seq筛选调控当归抽薹主要候选基因.分子植物育种,19.
MLA	郭李智,et al."利用RNA-seq筛选调控当归抽薹主要候选基因".分子植物育种 (2020):19.

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利用RNA-seq筛选调控当归抽薹主要候（706KB）	期刊论文	出版稿	开放获取	CC BY-NC-SA	浏览下载