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TCGA数据库4种消化系统癌症分子特征的比较
刘菲; 袁锐; 陈世龙; 王永翠
2022
发表期刊中国免疫学杂志
卷号38期号:18页码:2252-2258
摘要目的:探索4种消化系统癌症(DSCs)分子特征的异同及分子特征同临床基本特征的关系。方法:基于生物信息学方法从TCGA数据库中获取食管癌(ESCA)、胃癌(STAD)、直肠癌(READ)、结肠癌(COAD)4种DSCs的分子特征,包括基因突变、拷贝数变异、基因表达以及甲基化,结合MIF算法、差异分析筛选出癌症驱动基因、差异甲基化基因(DMGs)以及差异表达基因(DEGs),并利用富集分析、生存分析、相关性分析比较4种癌症类型中分子特征的异同,进一步探索分子特征同临床基本特征的关系。结果:4种癌症类型具有相似的分子特征,包括:突变频率与基因表达、甲基化水平相关性很低,线性关系均不明显;MaxMIF软件获得的30个癌症驱动基因中均仅有少数几个基因具有预后效果,包括ESCA 2个、STAD 2个、READ 1个、COAD 1个;拷贝数变化数据在癌症组织样本和正常组织样本中的分布并不均匀;DEGs中仅有少部分基因具有预后效果,包括食管癌(29/829)、胃癌(0/394)、直肠癌(71/606)、结肠癌(50/591),并且KEGG通路均富集于“神经活性的配体-受体相互作用”。另外,4种癌症类型之间具有不同的癌症驱动基因、具有预后效果的DEGs,以及DMGs。结论:经分析得到4种DSCs分子特征的异同点有助于了解整个DSCs,并有望为深入理解DSCs的分子特征及相应的分子靶向治疗方案的设计提供有效的依据。
关键词消化系统癌症 TCGA数据库 癌症驱动基因 差异表达基因 差异甲基化基因
文献类型期刊论文
条目标识符http://210.75.249.4/handle/363003/61421
专题中国科学院西北高原生物研究所
推荐引用方式
GB/T 7714
刘菲,袁锐,陈世龙,等. TCGA数据库4种消化系统癌症分子特征的比较[J]. 中国免疫学杂志,2022,38(18):2252-2258.
APA 刘菲,袁锐,陈世龙,&王永翠.(2022).TCGA数据库4种消化系统癌症分子特征的比较.中国免疫学杂志,38(18),2252-2258.
MLA 刘菲,et al."TCGA数据库4种消化系统癌症分子特征的比较".中国免疫学杂志 38.18(2022):2252-2258.
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