Knowledge Management System of Northwest Institute of Plateau Biology, CAS
| 基于全基因组SNP高效鉴定燕麦种质资源 | |
徐金青; 边海燕; 王寒冬 ; 王蕾; 张波; 尤恩; 李晓兰; 陈文杰; 沈裕虎
| |
| 2022 | |
| 发表期刊 | 麦类作物学报
 |
| 卷号 | 42期号:06页码:677-684 |
| 摘要 | 为探究鉴别燕麦品种特异性所需SNP标记的最少数量与鉴别效果，以25个生产上大面积推广的栽培燕麦品种为材料，利用燕麦Illumina Inc.iSelect 6K微珠芯片进行基因分型，按照具有多态性、最小等位基因频率(MAF)大于0.05、缺失率小于0.50的条件进行筛选，获得2214个高质量的SNP标记。所有SNP标记的平均MAF为0.75,平均多态性信息含量(PIC)为0.28。群体遗传结构分析将25个燕麦品种划分为5个类群。通过去冗余分析，获得8个能够高效鉴别燕麦参试品种的SNP标记。这8个SNP标记的平均MAF为0.62,平均PIC为0.35,表现出丰富的遗传多样性。测序结果显示，所筛选的8个SNP标记具有较好的稳定性和重现性。进一步利用这8个SNP标记构建了25个燕麦栽培品种的SNP指纹图谱，为燕麦栽培品种真实性鉴定和纯度检测提供了可用的标记组合。 |
| 关键词 | 燕麦(Avena sativa L.) SNP 品种鉴定 DNA指纹图谱 |
| 文献类型 | 期刊论文 |
| 条目标识符 | http://210.75.249.4/handle/363003/61477 |
| 专题 | 中国科学院西北高原生物研究所 |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 徐金青,边海燕,王寒冬,等. 基于全基因组SNP高效鉴定燕麦种质资源[J]. 麦类作物学报,2022,42(06):677-684. |
| APA | 徐金青.,边海燕.,王寒冬.,王蕾.,张波.,...&沈裕虎.(2022).基于全基因组SNP高效鉴定燕麦种质资源.麦类作物学报,42(06),677-684. |
| MLA | 徐金青,et al."基于全基因组SNP高效鉴定燕麦种质资源".麦类作物学报 42.06(2022):677-684. |
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