Knowledge Management System of Northwest Institute of Plateau Biology, CAS
| 藏茵陈基源植物皱边喉毛花的全长转录组信息分析 | |
韩霜 ; 徐浩; 余静雅; 韩赟; 张发起
| |
| 2023 | |
| 发表期刊 | 广西植物
 |
| 卷号 | 43期号:07页码:1335-1346 |
| 摘要 | 皱边喉毛花为藏药藏茵陈基源植物之一，其包含丰富的药用成分。为进一步了解皱边喉毛花转录组，丰富其基因注释、代谢通路等遗传信息，该研究利用PacBio测序平台对皱边喉毛花叶片进行全长转录组测序。结果表明：(1)全长转录组测序共获得17 Gb的高质量数据，对795 698个环形一致性序列(CCS)序列进行聚类和去冗余，最终获得87 814条高质量的全长转录本。(2)与7个数据库比对后，共有277 451条转录本注释成功，其中注释到NR数据库的转录本最多，有39 214条。26 396条转录本成功注释到KOG数据库中，共有26个子类。39 104条转录本注释到KEGG数据库中，涉及6个主要通路和40个子通路。39 102条转录本注释到GO数据库中，按分子功能、生物学过程和细胞成分3大类对注释成功的转录本进行分类。(3)SSR分析共鉴定到22 861个SSR,其中单碱基重复最为丰富；共检测到1 874个转录因子和15 166个长非编码RNA(LncRNA),而注释到转录本最多的转录因子家族是C3H。(4)筛选出55条与单萜类及黄酮类化合物合成相关的转录本。该研究结果丰富了皱边喉毛花的转录组信息，为进一步筛选皱边喉毛花药用成分合成相关的关键基因提供了重要的遗传资源。 |
| 关键词 | 皱边喉毛花 全长转录组 代谢通路 转录因子 长非编码RNA |
| 文献类型 | 期刊论文 |
| 条目标识符 | http://210.75.249.4/handle/363003/61757 |
| 专题 | 中国科学院西北高原生物研究所 |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 韩霜,徐浩,余静雅,等. 藏茵陈基源植物皱边喉毛花的全长转录组信息分析[J]. 广西植物,2023,43(07):1335-1346. |
| APA | 韩霜,徐浩,余静雅,韩赟,&张发起.(2023).藏茵陈基源植物皱边喉毛花的全长转录组信息分析.广西植物,43(07),1335-1346. |
| MLA | 韩霜,et al."藏茵陈基源植物皱边喉毛花的全长转录组信息分析".广西植物 43.07(2023):1335-1346. |
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