Knowledge Management System of Northwest Institute of Plateau Biology, CAS
| 青稞转录组SSR位点及其基因功能分析 | |
| 徐金青; 夏腾飞; 王蕾; 王寒冬; 张怀刚; 刘登才; 昌西; 沈裕虎 | |
| 2017 | |
| 发表期刊 | 麦类作物学报
 |
| 期号 | 2页码:175-184 |
| 摘要 | 为了探讨青稞转录中SSR位点信息及其所在基因的生物学功能,使用MISA软件分析青稞转录组中SSR的分布频率和重复基元的基本类型,通过BLASTX对含有SSR的Unigene与nr、COG、Swiss-Prot和KEGG等公共数据库进行比对和功能注释。结果表明,在青稞转录组拼接得到的58 065个Unigene中发现9 576条序列中含有11 930个SSR位点,SSR发生频率为16.49%,平均每6.63kb出现1个SSR位点,共有119种重复基元(motif)。青稞转录组SSR出现频率最高的是三核苷酸重复基元(64.19%),其次是二核苷酸重复基元(24.05%)。AG/CT和AGG/CCT、CCG/CGG、AGC/CTG分别是二核苷酸重复和三核苷酸重复中的优势重复基元。在转录组中SSR重复次数以5~12次为主,基序长度主要集中在12~25bp,平均长度为21.15bp。9 576个含SSR的Unigene与nr、COG、Swiss-Prot和KEGG等公共数据库进行BLASTX比对,分别得到7 987、5 559、5 588和2 077个注释。通过基因功能注释发现青稞转录组中含SSR的序列主要与生物的基础代谢相关。 |
| 关键词 | 青稞 转录组 Ssr 功能注释 |
| 项目资助者 | 青海省应用基础研究计划项目(2015-ZJ-702) ; 中国科学院“西部之光”联合学者项目 ; 西藏自治区西部提升计划“作物学学科建设”项目(XBTSZWXK-01) |
| 文献类型 | 期刊论文 |
| 条目标识符 | http://210.75.249.4/handle/363003/6975 |
| 专题 | 中国科学院西北高原生物研究所 |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 徐金青,夏腾飞,王蕾,等. 青稞转录组SSR位点及其基因功能分析[J]. 麦类作物学报,2017(2):175-184. |
| APA | 徐金青.,夏腾飞.,王蕾.,王寒冬.,张怀刚.,...&沈裕虎.(2017).青稞转录组SSR位点及其基因功能分析.麦类作物学报(2),175-184. |
| MLA | 徐金青,et al."青稞转录组SSR位点及其基因功能分析".麦类作物学报 .2(2017):175-184. |
| 条目包含的文件 | 下载所有文件 | |||||
| 文件名称/大小 | 文献类型 | 版本类型 | 开放类型 | 使用许可 | ||
| 青稞转录组SSR位点及其基因功能分析.p（487KB） | 期刊论文 | 作者接受稿 | 开放获取 | CC BY-NC-SA | 浏览 下载 | |
| 个性服务 |
| 推荐该条目 |
| 保存到收藏夹 |
| 查看访问统计 |
| 导出为Endnote文件 |
| 谷歌学术 |
| 谷歌学术中相似的文章 |
| [徐金青]的文章 |
| [夏腾飞]的文章 |
| [王蕾]的文章 |
| 百度学术 |
| 百度学术中相似的文章 |
| [徐金青]的文章 |
| [夏腾飞]的文章 |
| [王蕾]的文章 |
| 必应学术 |
| 必应学术中相似的文章 |
| [徐金青]的文章 |
| [夏腾飞]的文章 |
| [王蕾]的文章 |
| 相关权益政策 |
| 暂无数据 |
| 收藏/分享 |
除非特别说明，本系统中所有内容都受版权保护，并保留所有权利。
修改评论