Knowledge Management System of Northwest Institute of Plateau Biology, CAS
| 基于RAD-seq技术的异型花SSR信息分析 | |
| 王久利; 朱明星; 徐明行; 陈世龙; 张发起 | |
| 2017 | |
| 发表期刊 | 植物研究
 |
| 期号 | 3页码:447-452+460 |
| 摘要 | 用RAD-seq(restriction-site associated DNA sequencing)对异型花(Sinoswertia tetraptera(Maxiowicz)T.N.Ho,S.W.Liu&J.Q.Liu)进行简化基因组测序,并借此分析异型花的SSR(simple sequence repeats)信息。利用SR search软件甄别所得序列中的SSR,得到了双端各有至少100 bp的SSR位点5 844个,其中5 339个(91.38%)成功设计引物,而三核苷酸SSR位点最多(3 323个);在能成功设计引物的SSR位点中,重复序列长度包括17种(12~36 bp);重复序列的基序共277种,其中五核苷酸基序种类最多(106种);随机挑选10对SSR引物,用4个异型花居群的32个个体检测检测其可用性和多态性,经PCR和聚丙烯酰氨凝胶电泳检测,有4对(ST2、ST3、ST6和ST10)成功扩增并表现出多态性;经GENEPOP 4.4对4个位点分析,显示其等位基因数量均值为6,多态性较高且不连锁(P<0.01);4个位点在多数居群中偏离哈迪温伯格平衡(P |
| 关键词 | Rad-seq 简化基因组测序 异型花 Ssr 獐牙菜亚族 |
| 项目资助者 | 国家自然科学基金(31400322) ; 青海省应用基础研究计划(2016-ZJ-761)~~ |
| 文献类型 | 期刊论文 |
| 条目标识符 | http://210.75.249.4/handle/363003/9878 |
| 专题 | 中国科学院西北高原生物研究所 |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 王久利,朱明星,徐明行,等. 基于RAD-seq技术的异型花SSR信息分析[J]. 植物研究,2017(3):447-452+460. |
| APA | 王久利,朱明星,徐明行,陈世龙,&张发起.(2017).基于RAD-seq技术的异型花SSR信息分析.植物研究(3),447-452+460. |
| MLA | 王久利,et al."基于RAD-seq技术的异型花SSR信息分析".植物研究 .3(2017):447-452+460. |
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| 文件名称/大小 | 文献类型 | 版本类型 | 开放类型 | 使用许可 | ||
| 基于RAD-seq技术的异型花SSR信息（294KB） | 期刊论文 | 作者接受稿 | 开放获取 | CC BY-NC-SA | 浏览 下载 | |
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