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题名: 基于RAD-seq技术的异型花SSR信息分析
作者: 王久利; 朱明星; 徐明行; 陈世龙; 张发起
刊名: 植物研究
出版日期: 2017
期号: 3, 页码:447-452+460
关键词: RAD-seq ; 简化基因组测序 ; 异型花 ; SSR ; 獐牙菜亚族
中文摘要: 用RAD-seq(restriction-site associated DNA sequencing)对异型花(Sinoswertia tetraptera(Maxiowicz)T.N.Ho,S.W.Liu&J.Q.Liu)进行简化基因组测序,并借此分析异型花的SSR(simple sequence repeats)信息。利用SR search软件甄别所得序列中的SSR,得到了双端各有至少100 bp的SSR位点5 844个,其中5 339个(91.38%)成功设计引物,而三核苷酸SSR位点最多(3 323个);在能成功设计引物的SSR位点中,重复序列长度包括17种(12~36 bp);重复序列的基序共277种,其中五核苷酸基序种类最多(106种);随机挑选10对SSR引物,用4个异型花居群的32个个体检测检测其可用性和多态性,经PCR和聚丙烯酰氨凝胶电泳检测,有4对(ST2、ST3、ST6和ST10)成功扩增并表现出多态性;经GENEPOP 4.4对4个位点分析,显示其等位基因数量均值为6,多态性较高且不连锁(P<0.01);4个位点在多数居群中偏离哈迪温伯格平衡(P
项目资助者: 国家自然科学基金(31400322) ; 青海省应用基础研究计划(2016-ZJ-761)~~
内容类型: 期刊论文
URI标识: http://210.75.249.4/handle/363003/9878
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