Knowledge Management System of Northwest Institute of Plateau Biology, CAS
青稞转录组SSR位点及其基因功能分析 | |
徐金青 ; 夏腾飞 ; 王蕾 ; 王寒冬 ; 张怀刚 ; 刘登才 ; 昌西 ; 沈裕虎 | |
2017 | |
发表期刊 | 麦类作物学报
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摘要 | 为了探讨青稞转录中SSR位点信息及其所在基因的生物学功能,使用MISA软件分析青稞转录组中SSR的分布频率和重复基元的基本类型,通过BLASTX对含有SSR的Unigene与nr、COG、Swiss-Prot和KEGG等公共数据库进行比对和功能注释。结果表明,在青稞转录组拼接得到的58 065个Unigene中发现9 576条序列中含有11 930个SSR位点,SSR发生频率为16.49%,平均每6.63kb出现1个SSR位点,共有119种重复基元(motif)。青稞转录组SSR出现频率最高的是三核苷酸重复基元(64.19%),其次是二核苷酸重复基元(24.05%)。AG/CT和AGG/CCT、CCG/CGG、AGC/CTG分别是二核苷酸重复和三核苷酸重复中的优势重复基元。在转录组中SSR重复次数以5~12次为主,基序长度主要集中在12~25bp,平均长度为21.15bp。9 576个含SSR的Unigene与nr、COG、Swiss-Prot和KEGG等公共数据库进行BLASTX比对,分别得到7 987、5 559、5 588和2 077个注释。通过基因功能注释发现青稞转录组中含SSR的序列主要与生物的基础代谢相关。 |
文献类型 | 期刊论文 |
条目标识符 | http://210.75.249.4/handle/363003/38389 |
专题 | 中国科学院西北高原生物研究所 |
推荐引用方式 GB/T 7714 | 徐金青,夏腾飞,王蕾,等. 青稞转录组SSR位点及其基因功能分析[J]. 麦类作物学报,2017. |
APA | 徐金青.,夏腾飞.,王蕾.,王寒冬.,张怀刚.,...&沈裕虎.(2017).青稞转录组SSR位点及其基因功能分析.麦类作物学报. |
MLA | 徐金青,et al."青稞转录组SSR位点及其基因功能分析".麦类作物学报 (2017). |
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