Knowledge Management System of Northwest Institute of Plateau Biology, CAS
| 藏药细果角茴香转录组SSR分布特征分析 | |
| 张晶; 文怀秀; 王卫东; 邵赟; 梅丽娟; 陶燕铎 | |
| 2020 | |
| 发表期刊 | 分子植物育种
 |
| 页码 | 11 |
| 摘要 | 为探究藏药细果角茴香转录组中简单重复序列位点信息，本研究利用Illumina Hi Seq~(TM )2500高通量测序平台，RNA-Seq测序技术对藏药细果角茴香植株进行测序，并采用生物信息学MISA数据分析进行拼接后查找SSR位点。细果角茴香转录组测序共获得27979个重复单元长度为2～6个碱基的微卫星重复序列，总的SSR碱基数为142108085 bp，平均每3.1kb出现1个SSR位点。细果角茴香SSR中主要重复单元类型为三碱基，占SSR总数的68.34%，在统计的213种重复类型中(AAG/CTT)n所占比例最高为(7773， 27.78%)，其次是(AG/CT)n(4735， 16.92%)和(ATC/ATG)n(2420， 8.65%)，藏药细果角茴香转录组中SSR位点分布频率较高，重复单元类型丰富。研究首次基于细果角茴香转录组高通量测序数据开发了SSR分子标记，为细果角茴香遗传连锁图谱、DNA指纹图谱、遗传多样性评价、种植资源收集与鉴定和分子标记辅助育种等工作提供了科学基础。 |
| 关键词 | 细果角茴香 RNA-Seq技术 转录组 SSR标记 生物信息 |
| 文献类型 | 期刊论文 |
| 条目标识符 | http://210.75.249.4/handle/363003/60524 |
| 专题 | 中国科学院西北高原生物研究所 |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 张晶,文怀秀,王卫东,等. 藏药细果角茴香转录组SSR分布特征分析[J]. 分子植物育种,2020:11. |
| APA | 张晶,文怀秀,王卫东,邵赟,梅丽娟,&陶燕铎.(2020).藏药细果角茴香转录组SSR分布特征分析.分子植物育种,11. |
| MLA | 张晶,et al."藏药细果角茴香转录组SSR分布特征分析".分子植物育种 (2020):11. |
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| 文件名称/大小 | 文献类型 | 版本类型 | 开放类型 | 使用许可 | ||
| 藏药细果角茴香转录组SSR分布特征分析.（479KB） | 期刊论文 | 出版稿 | 开放获取 | CC BY-NC-SA | 浏览 下载 | |
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