NWIPB OpenIR
藏药细果角茴香转录组SSR分布特征分析
张晶; 文怀秀; 王卫东; 邵赟; 梅丽娟; 陶燕铎
2020
Source Publication分子植物育种
Pages11
Abstract为探究藏药细果角茴香转录组中简单重复序列位点信息,本研究利用Illumina Hi Seq~(TM )2500高通量测序平台,RNA-Seq测序技术对藏药细果角茴香植株进行测序,并采用生物信息学MISA数据分析进行拼接后查找SSR位点。细果角茴香转录组测序共获得27979个重复单元长度为2~6个碱基的微卫星重复序列,总的SSR碱基数为142108085 bp,平均每3.1kb出现1个SSR位点。细果角茴香SSR中主要重复单元类型为三碱基,占SSR总数的68.34%,在统计的213种重复类型中(AAG/CTT)n所占比例最高为(7773, 27.78%),其次是(AG/CT)n(4735, 16.92%)和(ATC/ATG)n(2420, 8.65%),藏药细果角茴香转录组中SSR位点分布频率较高,重复单元类型丰富。研究首次基于细果角茴香转录组高通量测序数据开发了SSR分子标记,为细果角茴香遗传连锁图谱、DNA指纹图谱、遗传多样性评价、种植资源收集与鉴定和分子标记辅助育种等工作提供了科学基础。
Keyword细果角茴香 RNA-Seq技术 转录组 SSR标记 生物信息
Document Type期刊论文
Identifierhttp://210.75.249.4/handle/363003/60524
Collection中国科学院西北高原生物研究所
Recommended Citation
GB/T 7714
张晶,文怀秀,王卫东,等. 藏药细果角茴香转录组SSR分布特征分析[J]. 分子植物育种,2020:11.
APA 张晶,文怀秀,王卫东,邵赟,梅丽娟,&陶燕铎.(2020).藏药细果角茴香转录组SSR分布特征分析.分子植物育种,11.
MLA 张晶,et al."藏药细果角茴香转录组SSR分布特征分析".分子植物育种 (2020):11.
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